Installer R sur son ordinateur personnel : Guide d’installation pour une installation par internet ; pour une installation sans connexion internet, me contacter (replacer "AT" par @) : je peux vous fournir un CD d’installation à condition que vous me procuriez un CD vierge à graver.

Présentation générale

 Diaporama : Présentation des puces à ADN : version diaporama et version imprimable

Importation et normalisation des données

 Liens utiles (packages R) :

• Site web du projet Bioconductor ;
• Package limma : Site web et page de téléchargement ;
• Package affy ;
• Package simpleaffy ;
• Package affyPLM ;
• Pour information : interfaces graphiques pour limma et affyPLM : limmaGUI et affylmGUI.

 Données de type Agilent :

• Cours sur la normalisation des données de biopuces double couleur type "Agilent" : version diaporama et version imprimable ;
• DonneesAgilentBrutes.zip (compressées) ;
• Script R : CodeR.R.zip (compressé) ;
• Script R pour représenter une lame : Representation.R.zip

 Données de type Affymetrix :

• Cours sur la normalisation des données de biopuces type "Affymetrix" : version diaporama et version imprimable ;
• DonneesAffymetrixBrutes.zip (compressées) ;
• Script R : CodeR.R.zip (compressé).

 Modèle linéaire :

• Cours sur le modèle linéaire : version diaporama et version imprimable ;
• Les données : donneesnormalises.RData.zip (données d’expression pré-traitées) et facteurs.csv (données phénotypiques et génotypiques) ;
• Script R : CodeR.R.zip.

Archives

Devoir 2011/2012

 Énoncé relatif aux Données (le matériel du devoir est compressé au format .tar.gz)
 Quelques éléments de correction (script R compressé zip) et le barème.

Devoir 2010/2011

 Énoncé (au format OOo Traitement de texte : réponses à compléter directement sur le fichier) relatif aux Données "genepix", au fichier décrivant le plan d’expérience et aux données normalisées.
 Correction et Barème.